对此，也有人提出了不同意见。有专家认为，侯振举只是“烧制琉璃瓦的管窖人”，而不是沈阳故宫的“工程师”，因为侯振举是从海城迁至沈阳的，根据《海城县志》载：“城东南三十五里，在岩山山麓有黄瓦窖，制黄琉璃瓦。清时工部派五品官监制黄瓦。以备陵寝宫殿之用。”其卷2《民族》中有这样的记载：“侯氏，原籍山西明福县，后徙本境。清初隶汉军旗，世袭盛京五品官，监制黄瓦，族繁户众，世居城东南析木城。”该县志又在《重修缸窖岭伯灵庙碑记并序》中说：“清初修理陵寝宫殿，需用龙砖彩瓦，因赏侯振举盛京工部五品官……”
所以，究竟是几个人一同修筑了这座清代宫殿，还是由某位大师具体设计，这个问题也一直是未解之谜。
在风水学把绵延的山脉称为“龙脉”
谜团之四，努尔哈赤是否修建了部分故宫？
努尔哈赤在位期间，是否修建了部分故宫？这在史学界同样存在很大争议。李治亭教授认为，努尔哈赤在沈阳时一直都居住在故宫北门旁边，而不是居住在沈阳故宫里，这说明当时故宫肯定还没建完。
而且建造宫殿是一项耗资巨大工程，前期准备工作纷繁复杂，而努尔哈赤率部迁都沈阳18个月后便猝然离世。在这么短时间里，根本没有足够时间能将复杂的宫殿建造得如此之快。而佟主任则认为，一年半时间也不算太短，在辽阳城建造宫殿时也只用了2年多时间，努尔哈赤在位期间完全有时间修建宫殿。而根据史料最早记载，1627年正月初一，皇太极在大政殿举行典礼仪式。按照沈阳的天气，说明大政殿在1626年10月之前就应该完工。也就是说，在努尔哈赤时期，大政殿和与之成组的建筑十王亭时应该已经建好。当然，关于沈阳故宫的未解之谜还有很多。但李教授强调，只要能从文化角度来分析解读故宫，那么这就是皇家宫殿留给后人最重要的一笔文化遗产。
