后来，又按照规范的法医检验要求和方法，提取了光绪遗骨及衣物样品测试，结果肩胛骨、脊椎骨和每件衣物的胃区部位、系带和领肩部位的含砷量很高；内层衣物的含砷量大大高于外层。再对光绪棺椁内、墓内物品和陵区水土等进行对比实验，结果表明光绪头发上的高浓度砷物质并非来自环境沾染。
按照这一研究，那么就与第一种说法一致——光绪帝是被谋杀的，那么谋害他的最大犯罪嫌疑人就是慈禧。
慈禧为什么一定要谋害光绪帝呢？原因有五。
第一，光绪帝与慈禧太后之间积怨太久，仇恨太深，早已到了势不两立，有我无你、有你无我的地步。在中法战争前，他们之间关系还是友好、亲密的，但由于在中法战争中，他们一个主战一个主和，对战争的分歧太大，他们的亲密关系荡然无存，矛盾和仇恨开始出现。
后来经过光绪“亲政”、甲午战争、戊戌变法失败、准备废掉光绪帝的大阿哥事件、光绪“爱妃”被害等事件，他们之间已到仇深似海、你死我亡的地步。慈禧也多次想害死光绪帝，慈禧极为害怕自己死后，光绪报复她，让她死后不得安宁、死不瞑目，所以她预先设计毒死了光绪。
